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Ash continua sua jornada para se tornar um grande mestre Pokémon quando recebe um misterioso convite de batalha do maior treinador Pokémon do mundo. Mal sabe ele que o tal além de tudo é também o Pokémon mais poderoso do mundo, que foi resultado de um experiência para clonar Mew. Seu nome é Mewtwo e seu objetivo é eliminar os humanos da Terra, pois em sua visão esse é o único jeito dos Pokémon serem livres e felizes. Para impedir essa loucura, Ash contará com ajuda de muitos Pokémons, inclusive do lendário Mew, e uma batalha entre Pokémons e Super Clones está prestes a começar!